Östafrika kom under 1500-talet att hamna mellan två eldar: dels de expansiva portugiserna och andra européer som dök upp sjövägen söderifrån, och dels det expansiva Osmanska riket som tryckte på norrifrån.

I norra Nubien hade islam vid det här laget slagit rot och trängt tillbaka kristendomen till de södra områdena, nära gränsen till Etiopien. Muslimerna organiserade sig i olika furstendömen, av vilka sultanaten Funj och Fur kom att bli dominerande. Dessa stred mot de kristna i söder, som organiserade sig under Shillukriket för att försvara sig, men de nubiska sultanaten var minst lika upptagna med att slå vakt om sin självständighet gentemot det Osmanska riket, som ofta utkrävde tribut av dem.

Etiopiens dominerande ställning hade börjat försvagas redan i slutet av 1400-talet, och denna utveckling fortsatte under 15- och 1600-talen. På 1520-talet organiserade sig de somaliska furstendömena tillfälligt under ledning av imamen Ahmad ibn Ibrahim al-Ghazi, som ledde dem i krig mot Etiopien. Trots mindre resurser lyckades Ahmad och somalierna vinna flera slag och invaderade stora delar av Etiopien. Först kejsar Galawdewos (r. 1540-1559) lyckades vända på krigslyckan. Han tog hjälp av en inhyrd portugisisk kår på 400 soldater, vars moderna utrustning skakade somalierna. I ett avgörande slag 1543 dödades imam Ahmad, och den somaliska koalitionen kollapsade. Under de efterföljande decennierna lyckades Galawdewos i stort återställa Etiopiens tidigare gränser.

Monument till minne av Ahmad Ibrahim i Mogadishu (http://en.wikipedia.org/wiki/File:Ahmed_Gurey_Mogadishu_Monument.jpg)

Etiopien var dock mycket försvagat, och inriktade sig huvudsakligen på försvar. Ett förnyat muslimskt hot fanns alltid vid horisonten i form av det mäktiga Osmanska riket i norr. Den krisartade situationen ledde till att kejsarna tryckte hårdare på kristen ortodoxi, och de halvt självständiga Falasha-judarna började uppfattas som ett allvarligt hot. 1597 utbröt ett inbördeskrig mellan kristna och judar. Den judiska minoriteten förlorade och ställdes inför valet att konvertera till kristendomen eller avrättas. Majoriteten vägrade att konvertera, och utplånades i stort sett. De överlevande fråntogs alla medborgerliga rättigheter, förbjöds att äga jord, och tvingades ägna sig åt hantverk, den mest föraktade sysslan i Etiopien.

Samtidigt som Etiopien befann sig i krig med muslimerna och utplånade judarna, hamnade de i konflikt med den katolska världen. Den etiopiska kyrkan var ortodox och var därför inte underställd påven. Portugisiska jesuiter reste till landet och arbetade för att sprida den ”rätta” läran, något som kejsarna motsatte sig. Kejsar Susenyos tog dock intryck av jesuiternas predikningar, och år 1632 införde han katolicismen som ny statsreligion. Folket revolterade dock mot den illa ansedda främmande kyrkan. Susenyos slog ned flera revolter, men gav upp försöken att införa katolicism. Han abdikerade, och hans efterträdare lät deportera jesuiterna.

Även Zanj-staterna hamnade mellan Osmanska riket och Portugal. Den ledande staten Kilwa var i början av 1500-talet försvagat på grund av inre tronstrider, och någon enad reaktion på portugiserna uppstod därför inte. Portugiserna, under Vasco Da Gamas ledning, försökte förmå Zanj-staterna att handla på européernas villkor. När de vägrade tillgrep Da Gama våld, och attackerade Zanj-staternas handel med sina välbestyckade krigsfartyg. Genom inblandning i tronföljdsstriderna lyckades portugiserna få en vänligt stämd härskare i Kilwa, och den staden blev portugisernas bas i kampen om kontroll över handeln. Den främsta motståndaren var Mombasa.

Mombasa och dess bundsförvanter hade svårt att mäta sig med portugiserna till sjöss, men fick hjälp av andra omständigheter. Portugiserna ville kontrollera och tjäna på handeln, men deras aktiviteter ledde mest till att handeln stördes, så att ingen tjänade något. Därför drog de sig bort till sin indiska koloni Goa och övergav för en tid Kilwa. Från Goa skickade portugiserna plundringsfartyg för att fortsätta sabotera all handel som inte gick igenom den kvarvarande portugisiska handelsstationen i Malindi.

Zanj-staterna drabbades mycket olika av det portugisiska hotet: Mombasa tycks ha stått sig ganska bra, medan Kilwa tappade sin dominerande position och aldrig återhämtade sig. I mitten av 1500-talet började dock Osmanska riket ingripa i Indiska Oceanen och utmanade Portugals dominans där. Zanj-staterna vände sig till osmanerna för skydd och stöd, vilket gjorde att Portugal skickade straffexpeditioner mot dem. Osmanska flottstyrkor anlände för att skydda Mombasa, men portugiserna lyckades besegra dem.

Det som avgjorde Zanjs öde var ett nomadfolk från inlandet, zemba, som invaderade precis vid denna tidpunkt. Den förödelse de vållade gjorde att Zanj-staternas självständiga position blev ohållbar. Osmanerna blev snart upptagna på annat håll och förlorade intresset för Östafrika. Endast Portugal hade resurser att dominera området, vilket de kom att göra. Ändå fortsatte en del städer med Mombasa i spetsen att motsätta sig det portugisiska styret. Under andra hälften av 1600-talet attackerades Portugals positioner av det arabiska sultanatet Oman, som besegrade och drev ut portugiserna från Zanj. 1698 var hela kustområdet under omansk kontroll.