I området mellan Zambezi- och Limpopofloderna fortsatte Rozviriket, Mwene Mutapas arvtagare, att styra. Guldhandeln via Sofala var fortfarande den enskilt viktigaste faktorn för regionen. I början av 1500-talet hamnade Sofala under portugisisk kontroll, och detta skapade konflikter. Rozvikungarna (med titeln Changamire) stred under lång tid mot portugiserna. Först 1684 besegrade Dombo Changamire definitivt portugiserna i slaget vid Maungwe. Portugal var vid samma tid upptaget med att kriga mot Oman, och denna resurssplittring gjorde att de förlorade både mot Oman och Rozvi. Portugals långsiktiga plan att lägga under sig Rozviriket misslyckades, och de fick med möda hålla sig kvar vid kusten, där deras flotta gav ett övertag.

Utvecklingen i sydligaste Afrika gick långsamt. Det sydafrikanska medelhavsklimatet lämpade sig inte väl för de viktiga afrikanska savanngrödorna, som hirs. De olika folken hade löst sammanhållna samhällen, oftast baserade på boskapsskötsel. De viktigaste grupperna var san, khoi och xhosa i södra Afrika, och ovambo och herero i sydvästra Afrika (nuvarande Namibia).

I början av 1600-talet upprättades Kapkolonin i Sydafrika av Holländska Ostindiska kompaniet. Holländarna behövde en säker bas för sina fartyg som de skickade till Indiska Oceanen för att handla och strida mot portugiserna.  Med tiden utvandrade många holländare till Kapkolonin, som var en av få regioner i Afrika där européerna kunde klara sig undan malaria och sömnsjuka. De holländska kolonisterna kom att kallas boer. Boerna förde med sig grödor som passade för det sydafrikanska klimatet, som vete. När boerna började kultivera jorden för att inte vara beroende av matimport kom de i konflikt med khoifolket. De bättre organiserade boerna besegrade khoifolket och satte dem i tvångsarbete inom jordbruket. Detta bröt sönder khoifolkets sociala struktur. Av dem som inte dödades flydde många till angränsande herdesamhällen. Den återstående spillran blev känd som khoi khoi, och deras efterlevande, uppblandade med andra folk, blev på 1900-talet kärnan i gruppen ”färgade” i apartheidregimens Sydafrika.