Egyptens makttillväxt i början av 1800-talet blev kännbar i Östafrika. 1821 invaderade Egypten Funjsultanatet och utplånade det. Egyptierna fortsatte att utsträcka sitt inflytande över hela östra Sudan: endast delar av den kristna södern klarade sig någorlunda.
Det turkisk-egyptiska herraväldet skapade dock mycket frustration hos den lokala befolkningen, och den västafrikanska jihad-andan spred sig hit. På 1880-talet revolterade sudaneserna under ledning av den religiöse ledaren Muhammad Ahmad al-Mahdi. Hans anhängare, mahdisterna, förde en framgångsrik gerillakampanj mot egyptiska trupper. Precis vid denna tid tog dock britterna över Egypten, och blandade sig i striderna genom att skicka en expeditionsstyrka till Khartoum. Mahdisterna lyckades dock besegra britterna 1885. Denna förödmjukelse ledde till en omfattande brittisk invasion på 1890-talet. I slaget vid Omdurman/Karari 1898 krossades mahdisternas armé av brittiska kulsprutor, och östra Sudan hamnade under brittisk ockupation.
Muhammad Ahmad al-Mahdi (http://en.wikipedia.org/wiki/File:Muhammad_Ahmad_al-Mahdi.jpg)
I början av 1800-talet genomgick Etiopien ännu en svaghetsperiod, och var uppsplittrat i tre mindre stater. Först 1872 lyckades kejsar Yohannes IV (r. 1872-1889) ena riket igen. Etiopien var ofta i konflikt med Storbritannien och Egypten under den här tiden, men allvarliga hot mot riket började manifestera sig när Italien, Frankrike, och Storbritannien ockuperade Somaliland på 1880- och 1890-talen. Somalierna utropade jihad och utkämpade gerillakrig mot européerna, men hade inga utsikter att kunna kasta ut kolonialmakterna.
Yohannes efterträdare, kejsar Menelik II, började rusta landet för att undgå somaliernas öde. Genom att utnyttja stormakternas inbördes motsättningar kunde han utrusta och utbilda en relativt modern armé. När italienarna invaderade landet blev de grundligt besegrade av Meneliks armé vid Adua 1896. Etiopien klarade sig därför som enda afrikanska stat (Liberia oräknat) undan europeiskt herravälde.
Detalj från etiopisk väv till minne av slaget vid Adua (http://en.wikipedia.org/wiki/File:Battle_of_Adwa_Tapestry_Closeup.png)
I Östafrika övergick makten i mitten av 1800-talet från Oman till Zanzibar. Zanzibars styre var dock omstritt, i synnerhet i inlandet, där swahilistater som Shamba och Wanga växte fram som motvikter. På 1890-talet övermannades Zanzibar av Storbritannien och Tyskland, som delade upp territorierna mellan sig.
En av få stater som för en tid lyckades stå emot europeiska ambitioner var Merinastaten på Madagaskar. Merinafolket byggde i sluter av 1700-talet upp ett starkt välde genom att kriga mot grannfolk, sälja krigsfångarna som slavar och köpa vapen av européerna. Med det som bas kunde den tyranniska drottning Ranavalona I (r. 1828-1861) hålla Frankrike borta och till och med bygga upp en liten inhemsk vapenindustri, som gjorde Merinastaten självförsörjande med vapen och ammunition. Men Ranavalonas grymma välde (hundratusentals människor uppskattas ha dödats under hennes regim) gjorde att riket sjönk ner i inre stridigheter efter hennes död, och Frankrike kunde ta över hela Madagaskar.
Drottning Ranavalona I (http://en.wikipedia.org/wiki/File:Reine1.JPG)